Las enfermedades en los cultivos agrícolas pueden reducir significativamente los rendimientos y/ o la calidad de los cultivos con las consecuentes pérdidas económicas. Además, la presencia de hongos productores de micotoxinas en los granos cosechados constituye un riesgo para la seguridad alimentaria. Desde hace algunos años se ha incrementado la implementación de tácticas de manejo agroecológico, con disminución de la utilización de productos fitosanitarios e incorporación de nuevos cultivos con funciones ecosistémicas. En la actualidad no existe suficiente información a nivel local acerca de los efectos que tienen los sistemas de manejo basados en la integración de tácticas agroecológicas sobre la sanidad de los cultivos agrícolas extensivos. La realización de monitoreos continuos representa una herramienta para determinar la presencia y el progreso de enfermedades en los diferentes cultivos de producción y de cobertura en una secuencia de cultivos bajo manejo de Intensificación Sustentable (MIS) y manejo de Transición Ecológica (MTE).